В системе стоит 2 жестких диска, SSD -60 Gb на основном месте, HDD 640 Gb вместо CDROM через переходних, поставил систему с нуля Ubuntu 12.04.1 x64 на SSD с файловой системой XFS, на HDD ext4 монтирую /home, система тормозит дико, грузится минут 5, работать вообще не возможно, до этого было два обычных HDD с той же системой, все работало отлично, в чем может быть проблема?

Встречал мнение, что есть некоторые тонкости установки Бубунты на SSD. Ссылка вот
Сам не проверял ввиду отсутствия SSD в пределах досягаемости блудливых ручек

Дело не Убунту, а в конкретном дистрибе, xfce отлично встал и заработал.

В итоге путем тыка, нашлось более менее рабочее решение, на ssd поставил ext2 c ubuntu и туда же монтирую /home, hdd сделал ntfs и монтирую отдельной папкой /media-file.
Тормозить перестало, почему, не знаю.