Допустим хочу сделать программу на Java (Desktop). Судя по другим программа можно тупо лезть в jar файл, там открываешь нужный class и читаешь реализацию или себе копипастишь.

Это как-то обходится?

Стандартный прием - после компиляции проект прогоняется через обфускатор