сначала сворачивает в трей, а потом закрывает
выявлено на BitComet и GOMPlayer, хотя оба приложения прописаны в KIS как доверенные
если KIS отключить, запустить приложение, а потом снова включить, то все работает
как исправить?

Не знаю, но знаю одно KIS2010 пока с глюками - я как поставил у меня экслорер пахать перестал, поэтому обратно предыдущий поставил...

У меня после 2010 1С стала ругаться на ошибку отложенной записи в файл mlg. Отключаешь все работает. Пока не разбирался с чем это связано.