Когда-то давно наш язык-предок, (условно говоря, пра-общеславянский, или еще раньше - пра-индоевропейский) был почти математически идеален. То есть, передача оттенков смысла при помощи грамматических показателей - и в частности, при помощи падежных окончаний - была очень четко и строго строго регламентирована: существовала разветвленная система времен (например, остатки русского плюс-квам-перфекта до сих пор используются, например во фразе "Я было пошел на работу, но вспомнил о невыключенной плите и вернулся". Гораздо больше было типов основ и склонений, и много ещё чего там было. Ну, хорошим примером является "застывший" язык - классическая латынь, в которой очень мало исключений, почти их нет, то есть, очень высок уровень грамматической упорядоченности...

Чисел в нашем языке-предке было, как минимум, три (не считая ломаных чисел, которые склонялись по-своему), падежей некоторые исследователи выделяли до 12 вместо теперешних 6, гораздо больше было и типов основ (значит и типов склонений) у существительных (сейчас все они слились в три типа склонений, например, в мужском роде мягкая и твердая основа сейчас принадлежит к одному 1 склонению (дом и словарь), а раньше это было два самостоятельных типа, каждый со своей системой окончаний). Со временем грамматическая система унифицировалась, исчезло, например, грамматически-смысловое значение двойственности и малого количества, а его окончание исторически осталось - это именно окончание "-а" .
Именительный падеж единственного числа: Стол/ стоял у окна (если он один)
Именительный падеж двойственного (и малого) числа: Сстол/-а стояли у окна (если их два, три, четыре)
Именительный падеж множественного числа: Стол/-ы стояли у окна (если их больше четырех, то есть, много).
В результате в современном множественном мы имеем не одно, а два окончания для слов мужского рода: домА и столЫ. Так уж закрепилось в языке...

Это окончание двойственного -А сбивает нас сейчас, оно сохранилось о тех исконных (старых) словах мужского рода, которые обозначают всегда пары или которые не бывают большими группами сразу, типа рукавА, берегА, островА и проч. А новые, заимствованные слова уже этого смысла (двойственности) не знали и оканчивались на -И (-Ы (модификация редуцированного -Ъ) после твердого)... Отсюда проблема: паспорты или паспорта, профессоры или профессора, директоры или директора - и проч.

Что касается на шкафЕ или на шкафУ, в садЕ или в садУ - это тоже остатки, но уже системы окончаний местного падежа, который давал в древнем, праславянском языке именно окончание -У. Например, жить в лесУ (место, местный падеж) , но говорить о лесЕ (предметно-предложный падеж). У некоторых (старых, исконных) слов закрепилось окончание местного падежа -У для всех смыслов, которые сейчас передаёт предложный падеж. А у новых слов чаще всего окончание -Е - универсальное для предложного адежа, когда смысловую роль берет на себя уже только предлог... Например, в классе, но в лесу; в парке, но в саду - и проч. Что-то закрепилось со старым строгим окончанием -У, а что-то с более поздним универсальным -Е...
Это ещё и от диалектов зависит - из какого что пришло в литературный язык, сформировавшийся на основе московского говора... в них тоже грамматические системы развивались в каждом по-своему... Да ещё надо помнить о фонетических (звуковых) переходах, которые тоже давали разные гласные и согласные звуки и что-то соранялось от старого произношения, что-то от нового... Поэтому - из-за смешения, заимствований и развития языка в дописьменный период и в период, когда еще не описали язык как систему - и существует такое количество "системных сбоев" и исключений в языке...